お久しぶりです。
XP以前のパソコンを使っている方か、JAVAのバージョンアップを全くやってない方以外、2010年10月6日現在、JAVAのバージョンは6 Update 21で、アプレット碁盤が全く表示されなかったり（特に戦いの小目定石は全滅ですね。）、表示がおかしかったりする場合があると思います。ちょっと前のバージョンよりはよくなってる気もしますが。
そういう方で、どうしてもなんとかしたいと思っている方には、このホームページが作られたころのJAVAの旧バージョンもインストールするという方法があるんです。
ただし、現状で満足してる方やパソコンがよく分かってない方にはお勧めしません。っていうかやらないで下さい。
僕はサポートしませんからね。質問のメールは送ってこないで下さいよ。